卡瓦利－弗札主張以根據語言所劃分出來的「人群」（population）做為研究單位，研究對象則是偏遠地區孤立的人群。柏克萊大學的生化學家威爾遜（Allan C. Wilson）反對這種方法，他主張以「個體」（individual）做為研究單位，把全世界有人居住的區域畫出一個個格子（geographical grid），每個格子隨機抽出一定數量的個人來取樣。
首先發難的「國際農村促進基金會」（Rural Advancement Foundation International），長期關注貧窮國家及原住民區域的生物多樣性與智慧財產權的問題，向來致力反對生物科技與國際食品公司把這些地區的動植物品種拿去申請專利，聲稱這會嚴重危害當地農民與原住民的生存。他們質疑人類基因體多樣性計畫蒐集基因資訊，集中在美國的基因資料庫。科學家再利用這些樣本研發藥物申請專利牟利，原住民卻得不到任何好處。這無異是剝削原住民的身體。
透過網路號召，原住民團體群起反對這項計畫。最後「美洲印地安人民族會議」（The National Congress of American Indians）決定，拒絕讓這個計畫使用國家基因體研究所（National Human Genome Research Institute）所蒐集的原住民基因樣本。
