但如同有機農產品遇到的問題一般，植物工廠仍有很多亟待克服的問題。例如，控制條件越多，相對代表投入的成本也越高，包括植物工廠的 LED 光照系統、無菌室空間以及乾淨的水源等高價設施，導致產出的作物單價也就水漲船高，市場接受度仍待進一步觀察。目前在台灣投入植物工廠產業仍以學界與大企業公司居多，並且大多以種植高經濟作物來攤平成本，要如何降低生產成本進而真正解決糧食問題，未來仍依賴更多的人才投入植物工廠的研究與開發。(本文由科技部補助「新媒體科普實作計畫──以農學、環保、應用科學、數位學習和藝術領域為例」執行團隊撰稿)
