蘭花是台灣花卉外銷的主力，使用傳統的雜交育種技術，已經生產出各色各樣受歡迎的商業品種。而中興大學生物科技學研究所教授楊長賢團隊從不同角度切入，利用生物技術，首先破解蘭花美麗密碼，成功縮短開花所需的時間，也產生多種新的花形，帶來商業上的新潛力。
調控開花時間
蘭花從種下到開花，一般而言需要兩、三年的時間，這也意味著育種所需的時間很長。楊長賢團隊則已經鑑別出一種文心蘭控制開花時間的基因（OMADS1），如果把文心蘭的OMADS1基因轉殖到阿拉伯芥及菸草，兩者都會提早開花。而文心蘭本身，如果讓OMADS1基因大量持續表現，也會提早開花。目前OMADS1基因已經申請專利，未來可期待對它做更多的應用。
調控花朵形態
蘭花形態的特色，在於並非其他花朵常見的輻射對稱，而是兩側對稱。形成兩側對稱的主因是唇瓣，也就是位在下方中央的那片花瓣，形態及顏色突出多變，有著演化上吸引昆蟲授粉的功能，也帶來觀賞上的趣味。
楊長賢團隊已經找出蘭花調控唇瓣、花瓣及花萼構造在分子層次的機制，稱之為「花被密碼」（Perianth code）。一片花瓣會發育成為唇瓣或花瓣/花萼，主要取決於兩個蛋白質複合體的競爭：當「唇瓣複合體」多時，就會形成唇瓣，「花萼／花瓣複合體」多，就會長成花萼／花瓣。但如果兩者同時存在，就出現中間型；兩者都不存在，也產生中間型。
蘭花美麗密碼大解密
為了驗證這個機制，楊長賢團隊發現在嘉德麗雅蘭中，若唇瓣複合體在花瓣上表現，會使得花瓣形狀轉變，造成花瓣的「唇瓣化」。他們也發現在石斛蘭中，若唇瓣複合體在唇瓣中不表現，而花瓣／花萼複合體在唇瓣表現出來，結果會使唇瓣變得像花瓣般伸展且變大。這些發現進一步證實「花被密碼」。
楊長賢團隊進一步以「病毒引發基因靜默技術」（VIGS），把唇瓣複合體中特定基因片段接在病毒上，感染蘭花，藉此減少唇瓣複合體的表現（但不是完全消滅），結果使蝴蝶蘭的唇瓣變大、產生類似花瓣的構造。此結果發表在頂尖的《自然‧植物》期刊，唇瓣花瓣化的白色蝴蝶蘭獲選為2015年5月的封面，被讚譽為「大為拓展了我們對蘭花花形多樣性變化機制的了解」。
進一步運用這個花被密碼，楊長賢團隊在多種蝴蝶蘭上創造出具有大型唇瓣的新花形，命名為「鳳凰蘭」，在2016年台灣國際蘭展上展示。此種改變蘭花唇瓣形態的技術也已經取得專利。
楊長賢團隊也透過控制其他不同基因的表現，成功使文心蘭花朵變小、粉紫蝴蝶蘭花色變淡、白色蝴蝶蘭顏色加深成淡黃色、甚至使蝴蝶蘭唇瓣失去對稱性等。
要達到這些變化，必須先了解哪些基因控制花朵形態及顏色等特徵後，便可透過基因技術去改造，而且速度相當快，傳統育種可能需要花七、八年時間，透過這種新方法，兩個月就可看到具體成果。
再者，當使用「病毒引發基因靜默技術」，透過病毒干擾受感染植株的蛋白質生成時，並不會改變蘭花本身的DNA，所以下一代植株開的花會恢復原來的樣子，從商業上來說也具有不能被他人複製的優勢。
