在農場的環境中存有各式各樣的細菌、放線菌、真菌等微生物，有些微生物(害菌)可引起植物生病，有些微生物(益菌)則可保護植物生育健康。植物遭受病原菌為害時，會出現細胞壞疽、植株萎凋、矮化或萎縮、腫大、器官變形、木乃伊化等症狀。
植物的病原主要有真菌、細菌、菌質體、濾過性病毒、線蟲及高等寄生植物等等，其中以真菌引起的植物病害種類最多元，且發生率也最高。真菌是由具有細胞核的菌絲體所組成的個體，其細胞壁的主要成分是幾丁質、纖維素及葡聚醣等，不具葉綠體，無法藉由光合作用製造養分，以腐生、寄生或共生的方式獲取營養，是生態系中的分解者。
預防與治療植物疾病的策略，有法規防治、物理防治、栽培防治、化學防治、生物防治及綜合管理等，其中利用「微生物」保護植物健康是現階段國內外積極推動執行友善環境與維護食物生產安全的生物防治之一。目前在農場施用枯草桿菌、蕈狀芽孢桿菌、液化澱粉芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、放線菌、光合菌、木黴菌、黏帚黴菌、菌根菌、蘇力菌及白(黑)殭菌等益菌微生物，可有效防治植物病蟲害、提升植物生長勢力或誘導植物抗逆境。
筆者由台灣中部農場的番茄根部，分離獲得的益菌―蕈狀芽孢桿菌(Bacillus mycoides)菌株，經過實驗室、溫室及田間系列的測試，證明具有促進多種農作物(番茄、萵苣、油菜、高麗菜、菜豆、草莓、金線連及水稻等)之植株生育外，尚且可誘導植物抗拒病原菌與害蟲的為害。目前該益菌已經由國立中興大學產學研鏈結中心，以非專屬的方式授權給企業界量產銷售，提供給農友運用於農場中，保護農作物的生育健康。
