使用基因工程或分子生物技術，把遺傳物質轉移或轉殖入活細胞或生物體內，造成基因重組的相關技術，稱為「基改」。基改食品安全嗎？國內基改食品又是如何管理的？
2014年1月28日，我國政府基於民眾的顧慮把原「食品衛生管理法」修改為「食品安全衛生管理法」，其重點是把基改食品相關規定納入法源，加強其管理。
何謂基改食品
使用基因工程或分子生物技術，把遺傳物質轉移或轉殖入活細胞或生物體內，造成基因重組，使其表現出具外源基因的特性，或壓抑其自身特定基因，使其無法表現的相關技術，稱為「基改」。但不包括傳統育種、同科物種的細胞及原生質體融合、雜交、誘變、體外受精、體細胞變異、染色體倍增等技術。
凡是利用基改技術對作物在基因層次上進行修改或重組，以達到例如增加耐逆境（抗旱、耐寒或耐鹽）能力的特定目標者，或生產特定產物（如維生素Ａ、離胺酸、脂肪酸、抗體）等，都可稱為基改作物。而以基改生物（目前大多是作物）為原料所製造、加工、調配的食品，則統稱為基改食品。
基改食品的生產現況
全球基改作物的種植面積在商業化後的19年中增加了100倍以上，從1996年的170萬公頃增加到2014年的1.8億公頃。如果以這面積增加倍數評量，從1996年到2005年的10年內增加了0.5億公頃，從2006年到2010年的5年內則增加到1.0億公頃，從1.0億公頃增加到1.5億公頃更是只花了3年，也就是每增加0.5億公頃所花的時間由10年縮短為5年，再縮短為3年，速率非常驚人。
黃豆、玉米、棉花及油菜是目前全球基改作物種植的前四名，自1996年開始，種植面積由大至小依序是黃豆、玉米、棉花與油菜。
基改作物中棉花籽與油菜籽都可用來榨油，黃豆與玉米則可經初級加工直接食用。其中黃豆大部分用來製備沙拉油，玉米則多用於飼料，少部分做為食品原料。
臺灣自產的黃豆、玉米非常少，大多是進口的。黃豆平均每年進口量約有250萬公噸，其中12％ 是食品加工廠製造豆製品使用；13％ 製成全脂豆粉，供飼料調整油脂成分；75％ 用於榨油，剩下豆粕則供應飼料市場。
玉米平均每年進口量約為500萬公噸，其中5％ 經加工製成食品原料，如玉米糖漿，其他95％ 則供應飼料市場。惟玉米糖漿的加工程度高，最終產品已不含轉殖基因片段或所表現的蛋白質。
國內基改食品的管理
國內基改食品的管理由衛生福利部負責，管理內容包括：基改食品的查驗登記、安全性評估審查、市場監測與標示管理。
基改食品的查驗登記是依食品安全衛生管理法第21條規定：食品所含之基改食品原料非經中央主管機關健康風險評估審查，並查驗登記發給許可文件，不得供作食品原料。國內基改食品的管理項目可大致分為基改食品的安全評估與查驗登記，以及基改食品的標示兩大項。
安全評估與查驗登記
臺灣基改食品的安全評估是依照衛生福利部公告的方法進行，評估資料包括基改植物的描述、宿主植物及其食物用途、基因提供生物（可包括類緣種）的描述、基改方法的描述、基改的特徵、安全性評估、抗生素抗性標識基因、在其他各國所認可及食用資料等。
尤其重要的還包括：新表現物質的毒性初步評估、新表現蛋白質的過敏誘發性初步評估等。這部分評估結果如不具潛在毒性物質或過敏原，才會核准。如評估不是如此，則需進行第二階段評估，包括毒性試驗與過敏原誘發試驗。第二階段評估如可以判定，在無安全疑慮情形下則予核可，否則駁回。若第二階段評估仍無法判定，則須進入第三階段的全食品動物毒性試驗。如試驗結果是正常則核可，如果是異常則予以駁回。
目前所有核可的基改食品都已經過嚴格的審查程序，送審資料也因地制宜考量了臺灣的特殊狀況。例如臺灣地區民眾最常見的過敏是塵螨過敏，而當初審查某一產品的過敏反應時，廠商送審資料是美國最常見的花粉過敏數據，雖然這產品在全球已有16個國家核准，但因未送臺灣最常見的過敏試驗資料，所以仍遭審查委員退件。待廠商補上塵螨過敏試驗結果，確認無安全疑慮後才予以核准。
基改食品查驗登記由3個單位執行：衛生福利部食品藥物管理署食品組主導食品安全審查與許可；衛生福利部食品藥物管理署研究檢驗組從事檢驗方法開發與登記以及產品檢驗方法驗證；基因改造食品審議小組由專家學者及消費者團體組成，進行科學性食品安全的風險評估資料審查。
業者須依上述安全評估方法進行安全評估，再把評估報告送交食品藥物管理署食品組初審資料的完整性，如需補件會通知業者，待資料齊全後再送基因改造食品審議小組審查。同時業者須把基改食品檢體送交食品藥物管理署研究檢驗組確認產品檢驗方法是否可行，以便日後進行產品的抽驗。如經審查產品安全無虞，且確認產品檢驗方法可行，會把資料彙送食品組並發給許可，如有疑義則請業者補件後再審。
截至2015年4月，總計審查通過81件基改食品，其中黃豆19件（單一品系14件與混合品系5件），包括抗蟲、耐除草劑、營養強化等特性；玉米59件（單一品系18件與混合品系41件），包括抗蟲、耐除草劑、營養強化、耐旱等特性；棉花及油菜各為1及2件（都是單一品系）。
基改食品的標示
由於基改食品上市至今約20年，雖然理論上依據安全評估辦法審查通過的產品應安全無虞，然而為使民眾有選擇權利，衛生福利部仍要求只要產品中含基改成分，不論是完整包裝或散裝食品都應標示。
食品安全衛生管理法第22條規定：食品之容器或外包裝，應以中文及通用符號，明顯標示下列事項：（1）品名。（2）內容物名稱；其為二種以上混合物時，應依其含量多寡由高至低分別標示之。（3）淨重、容量或數量。（4）食品添加物名稱；混合二種以上食品添加物，以功能性命名者，應分別標明添加物名稱。（5）製造廠商或國內負責廠商名稱、電話號碼及地址。（6）原產地（國）。（7）有效日期。（8）營養標示。（9）含基改食品原料。（10）其他經中央主管機關公告之事項。其中第9項是含基改食品原料需明顯標示。
根據規定，包裝食品、食品添加物或散裝食品如含基改食品原料，都應標示「基改」或「含基改」字樣。如終端產品已不含轉殖基因片段或轉殖蛋白質，則不受這規定的規範。非基改食品原料若因採收、儲運或其他因素等非有意摻入基改食品原料，且占該項原料總重量3 ％ 以下，視為非基改食品原料。有關基改食品相關標示規範的草案，預計自2016年1月1日起依對象及品項分階段施行。
基改食品的安全性
把1996年基改食品上市後相關食品安全的報導整理如下：
基改馬鈴薯使老鼠免疫系統受到影響 1998年，一位蘇格蘭研究人員在電視上表示，以基改馬鈴薯（轉殖入天然毒素植物凝集素基因）飼養老鼠後，發現老鼠免疫系統受到影響。隨後經檢視其實驗設計，發現問題甚多，這說法最後受到英國皇家科學院嚴格的批評。
美國星聯（StarLink）玉米事件 2000年，美國星聯玉米為專供飼料用的基改玉米被發現混入墨西哥煎餅及其他含玉米的食品中，數十位民眾反映因食用了這些食品導致出現過敏反應。然而經食品藥物管理局及疾病管制局調查後，所得結論是：28個人確實曾發生過敏反應，但未能在這些人身上發現與過敏有關的特定玉米蛋白質抗體，也就是無法證實其過敏現象是因食用含星聯玉米的基改產品所致。
塞拉里尼（Gilles-Eric Seralini）基改玉米使老鼠產生腫瘤事件 2012年，法國康恩大學學者塞拉里尼在《食品與化學毒物學》期刊發表〈年年春（Roundup）除草劑的長期毒性與耐年年春的基改玉米〉一文。文中宣稱：老鼠在餵食孟山都的「基改耐除草劑玉米」兩年之後長出一系列的腫瘤，其衍生腫瘤多重器官衰竭和早逝機會是普通老鼠的2～3倍。
據悉美國孟山都公司生產的年年春其主成分是用以除草的嘉磷塞，NK603則是孟山都生產的一種基改玉米，因其在玉米基因體中插入一段基因，因此具嘉磷塞抗性，作者把原本為期90天的毒性試驗展延至24個月。
這實驗報告經各研究單位公正討論後，發現有下列缺失：（1）實驗設計不符合科學標準，僅有一組控制組（10個樣本），不符合經濟合作與發展組織（OECD）的標準（50個樣本）；使用老鼠是易產生癌病變的品種，試驗動物數量過低，不足以區分腫瘤發生是否與試驗相關或是偶發性；缺乏完整飲食製備與攝取資料。（2）實驗結果不足以支持結論：完全缺乏肝臟或腎臟病理檢查、肝功能檢查、細胞色素活性等相關數據；缺乏任何有關死亡率或腫瘤發病率終點的統計分析數據；整個研究過程中缺乏劑量效應關係；無控制組老鼠生長情況。（3）研究的實驗方法設計不當，不符合安全評估科學研究的品質：缺乏可信的實驗數據以證明基改玉米會使老鼠罹癌。
該期刊總編輯於2013年11月28日發表聲明：由於動物試驗數量不足，無法得出明確的結論；研究所用大鼠本來就屬於腫瘤發生率較高的鼠種，因此無法排除實驗組的高死亡率及高腫瘤發生率屬於正常變異。因為實驗結果無法令人信服，因此期刊聲明撤回該論文。
2007～2008年，日本東京都健康安全研究所的坂本博士等人以孟山都公司生產的基改黃豆再次進行實驗，結果顯示經長時間（52及104周）餵飼含30％ 基改飼料的老鼠並未出現任何明顯的副作用。
歐洲食品安全局（歐洲審查基改食品的單位）也受歐盟委員會委託，對塞拉里尼在《食品與化學毒物學》期刊發表的論文進行評估，並在2012年11月29日做出最終評斷認為：這項研究的結論缺乏數據支持；相關實驗的設計及方法有嚴重漏洞；這項研究的實驗沒有遵守公認的科學研究標準。因此原在歐盟國家「NK603玉米是安全的評估結論」不需重新審查，這項產品可以繼續販售。到目前為止已有包括臺灣在內的23個國家都做出同樣的決定，更明白說明NK603的安全性無庸置疑。
基改食品安全性的公共辯論是非常敏感的議題，民眾有權利獲得正確的科學資料，而非迷失於斷章取義、偏頗的報導，並因而陷於毫無根據的恐懼。科學實驗必須確保實驗設計的正確性及結論的實事求是，才具有公信力及權威性。
世界衛生組織及聯合國糧農組織認為：凡是通過安全評估上市的基改食品應與傳統食品一樣安全，可以放心食用。目前絕大多數科學家共同的見解是：現今已上市的基改食品經評估確實是安全的。惟因這一新技術運用於食品的時間還不夠久，所以仍需持續謹慎地觀察。
目前有機食品業者對基改食品的反對聲浪最大。以學者、官方立場而言，能有團體願意為民眾健康付出心力，監督政府嚴格把關，應是非常好的現象。美國加大教授隆諾（Pamela Ronald）等人於《明天的餐桌》（Tomorrow's Table）書封有句話，提出來與讀者分享，也做為本文的結語：「基改與有機栽種……兩種農業型態的明智調和，將有助於以生態平衡的方式供給不斷增加的人口足夠的糧食。」
