以往利用外部形態與內部解剖的特徵來分類,其實無法釐清物種的親緣關係。隨著分子生物學的發展,親緣關係的查驗多了一套有利的根據,就像以前單憑身分證上的照片斷定誰和誰是親戚不一定準確,現在則用 DNA 鑑定以別親疏。
上代和下代間經由生殖把做為遺傳物質的 DNA 傳遞下去,進行有性生殖的子代接受父母代經由減數分裂而來的遺傳物質,結合形成子代的遺傳物質。因此,利用代代相傳的 DNA 所帶的資訊,可提供特徵進行生物間親緣的分析。在子代的 DNA 特徵中,另有不經由減數分裂而來的遺傳物質,例如動植物的粒線體基因組和植物的葉綠體基因組,就是屬於這類型的遺傳物質,它們能忠實地顯現親本母系的來源。因此,粒線體和葉綠體基因組成是追蹤母系來源的有效標示物。
鑑定芒草親緣關係的分子標記,是利用葉綠體 DNA 的 trn L 至 trn F 基因間隔片段,以其中核苷酸序列變異的資料,重建臺灣的芒草間親緣關係。臺灣的中國芒複合群經由輻射適應而形成八丈芒、白背芒、臺灣芒和高山芒 4 個變種,其分布區域分別是海邊、低海拔、中海拔和高海拔山區。造成生物種輻射適應的原因,是單一來源的祖先族群傳入島嶼之後,被限制在不同的棲地中,由於海拔高度、棲地阻隔等因素,造成族群基因的分化,甚至形成了新物種。
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