這類方法依其使用的理論又可細分成兩小類:(1)區域性比對演算法,是以動態程式編製演算法為基礎。這類方法大都是利用BLAST(basic local alignment sequence tool)或類似的演算法進行比對的工作。(2)以型樣為基礎的比對演算法,即建立表現的序列片段資料庫或DNA序列的型樣資料庫,利用相同型樣直接做比對。在中研院計算中心的技術與生物計算平台的全力支援下,這一類方法中的CRASA法的線上服務已全面對外開放,網址是http://big.pcf.sinica.edu.tw/。