由於在質譜方面的重要發明與貢獻，美國學者約翰‧芬恩（John B. Fenn）及日本研發工程師田中耕一（Koichi Tanaka）共同獲得二○○二年的諾貝爾化學獎。他們主要的貢獻是在質譜儀分析技術上的開發，使得質譜儀可以被用來鑑定巨大的生化分子結構，而可將生物化學的研究成果用於疾病的治療。由於他們的重大技術發明，導致一門新的科學誕生，那就是「蛋白質體學」。
質譜儀本身具有偵測化合物分子量的基本功能，更可以有效地定性及定量分析物種的種類。質譜儀的運用開始於一九一二年，湯木森（Joseph J. Thompson）對小分子結構的分析。此外，一九三四年諾貝爾獎得主哈諾德‧尤瑞（Harold Urey）發現氘，以及一九九六年的諾貝爾獎「富勒烯」（fullerenes，又稱碳六十、球烯）的發現，皆借助於質譜儀的分析。質譜儀的發明，讓我們可以快速鑑定出一個樣品中化合物的分子量，並且可以進一步知道其分子結構，隨著新式質譜儀的開發，更提供了一個針對生化大分子研究的有利工具。
帶電荷液滴形成氣相離子過程的理論，目前有兩種說法：一為竇爾（M. Dole）於一九六八年提出的電荷殘留理論，另一為禕瑞苯（J. V. Iribrane）與湯姆森（B. A. Thamson）於一九七六年提出的離子揮發理論。這兩種理論都是結合溶劑揮發和庫倫斥力兩種現象的結果，但多數的研究者認為電荷殘留理論的解釋較合理，因為當溶劑揮發後，電荷仍會留在液滴上，因此最後可形成帶多價電荷的離子。
基質輔助雷射脫附質譜法 基質輔助雷射脫附法的發展歷史，起源於一九六○年代，有人利用高能量的雷射光束照射在固體表面上，可從表面脫附出完整的離子，再用質譜儀加以分析。一九七八年波薩瑪斯（M. A. Posthumus）等人利用雷射脫附質譜法成功地分析核苷酸、胺基酸、胜肽、醣類等生化小分子。由於雷射的能量很高將高，能的雷射光束直接打在化合物上，會產生許多的離子碎片，圖譜辨別比較困難。
