熱帶海域三大典型重要沿岸生態系統：珊瑚礁、海草床與紅樹林，在臺灣皆可發現。相對而言，臺灣的珊瑚礁研究較多，紅樹林研究較少，海草床研究更少。

臺灣海草面積 30 公頃，東沙海草面積 5,000 公頃。海草生活在海洋沉水環境中的單子葉植物，具有維管束及根、莖、葉、花、果實等器官分化，藉海水傳粉，在海水中完成開花、結果與播種等生活史。由於海草的高生產力，在沿岸生態系中扮演重要的生產者角色，且海草床可提供幼蟹、幼蝦、仔魚、海馬、儒艮、海龜及無脊椎動物等進行繁殖、孵幼與藏匿的棲地，也可成為其主要食物來源。

海草床同時是成魚的主要覓食區，亦能提供穩固底質、過濾海水、減緩波浪、調節 海水流量、穩定堤防等生態系服務，與漁業及生態保育有密切相關。墾丁長期生態研究發現，平常不易被人感受到的聖嬰與反聖嬰，才是影響墾丁海草床及海洋生態最主要驅動力，其影響程度甚至超過颱風之影響。

臺灣紅樹林面積從 1996 年後逐年上升，目前面積已達 660 公頃。紅樹林是生長於 30°N ~ 30°S 之熱帶及亞熱帶海岸濕地、沼澤及河口潮間帶等半鹹水區域的耐鹽性常綠木本植物群落的統稱，常為熱帶與亞熱帶河口海岸地區重要的基礎生產者。因紅樹科植物體內含有次級代謝物單寧，當單寧於空氣中氧化後會呈紅棕色，故得「紅樹林」之名。

紅樹林多樣性的棲地和富含有機碎屑的底質，構成了世界上生產力最高的生態系之一。紅樹林也是沿海魚類孵育及攝食的最佳場所，亦能作為外海 近岸生物的食物來源場所，因此在該區活動的魚種及生物量均較其他沿海域豐富。

最近研究發現污染嚴重、高度缺氧的淡水河，已影響到其紅樹林碳循環， 不但降低其碳吸收力，甚至讓整個紅樹林轉變為碳排放系統，因此沿岸海洋污染的管制 是提升生態系統韌性的重要措施。