無論是類風濕性關節炎、紅斑性狼瘡、阿茲海默症，還是被稱為王室病的血友病，許多疾病的發生都和身體內的蛋白質出了問題有關！如果把身體比喻為營運穩健的公司，蛋白質就是公司裡各司其職的員工，而遺傳物質 DNA 就如同公司至高無上的管理規範，規定所有員工應有職能與肩負職責，當規範制訂出了問題，出現不符公司要求的員工，或是員工發生衝突，就可能造成公司動盪。

身體就像間公司，經營得好，身體就健康。身為公司的 CEO，想要經營得當就得從認識各部門著手，瞭解蛋白質在身體各個部門的工作內容（圖1）。

• 資訊傳遞部門 (激素性蛋白)
  資訊部門的蛋白質又稱為激素蛋白，專責把工作訊號傳遞到各個接收單位，以便工作單位做出相對應的反應，傳遞訊息速度堪比光纖，例如生長激素促進生長、胰島素調節血糖。
• 收發部門 (接受性蛋白)
  就像是公司的收發單位，通常位於每個細胞辦公室的表面，經常和資訊傳遞部門的蛋白質合作，負責接收資訊並將資訊傳送到細胞辦公室裡面，讓後端的部門依資訊執行任務。
• 機械運動部門 (收縮性蛋白)
  例如肌動蛋白和肌凝蛋白，促進細胞分裂，纖毛擺動，形成肌肉組織，負責肌肉的收縮作用，讓人體可以自由活動。
• 倉儲補給部門 (儲存性蛋白)
  幫助儲存身體所需要的營養素，例如鐵蛋白負責儲存身體所需要的鐵質。
• 維安警衛部門 (防禦性蛋白)
  免疫球蛋白就是這個部門的員工，也是大家耳熟能詳的抗體。負責保衛身體的安全，具有辨識外來物的特異功能，當有細菌或病毒等不速之客闖入，防禦性蛋白就會快速偵測發現，幫助身體抵擋並消滅這些外來物。
• 物流運輸部門 (運輸性蛋白)
  類似公司內部的快遞員，傳送各個部門需要的物質。大家最熟悉的就是血紅蛋白，負責把氧氣從肺臟帶到其他部門，再將其他部門產生的二氧化碳帶回肺臟排掉。
• 生產加工部門 (酵素性蛋白)
  種類繁多，各有專長，功能五花八門，具有催化各種化學反應的能力，提升公司營運效率。有些可以因應其他單位的需求，產出不同的物質供其他員工利用，例如發電產生ATP（三磷酸腺苷）能量，合成或分解醣類、脂質與蛋白質等物質，對維持身體運作舉足輕重。
• 土木建築部門 (結構性蛋白)
  提供身體架構堅固的支持，從骨骼到頭髮和指甲的角蛋白，都屬於這個部門。最有名的就屬膠原蛋白，是身體公司數量最多的蛋白質員工，從皮膚到骨頭都看得到，還可以讓身體組織變得更有韌度，達到保護效果。

身體公司的運作全靠蛋白質員工們分工合作，因各有專長且分工詳細，僅會和特定對象合作，可能是蛋白質、 DNA 或醣類等其他物質，但就像男女朋友交往，必須找到跟自己和得來的，他們合作的對象多數具有專一性，例如：酵素蛋白和受質 (substrate)、受體蛋白 (receptor) 和配體 (ligand)、抗體 (antibody) 和抗原 (antigen)，專一性交互作用取決每個蛋白質的特殊長相（特定構型）是否能跟合作對象相互吸引結合，也因此被比喻為鎖與鑰匙的關係（圖2）。

就以「長相」較簡單，臨床應用廣泛的抗體為例，就是由 Y 字型構造的單體所組成，共有四條以雙硫鍵相連的多肽鏈，分別是兩條相同的輕鏈和重鏈。如果把抗體比喻為一個張開雙臂的人，手的位置就是抗原結合區 (fragment antigen binding，Fab)，可以和特定的抗原對象結合；手以外的位置則被稱為可結晶區 (fragment crystallizable region，Fc)，能夠跟專門清除外來物質的巡邏怪獸—白血球結合。因抓取抗原的「手」胺基酸序列並不相同，而各自與不同抗原結合，也因此抗原結合區又稱為多變區 (variable region)；可結晶區 (Fc) 則因序列不變而稱為恆定區 (constant region)（圖3）。

前面的介紹有提過，抗體屬於維安警衛部門，防禦入侵身體的外來物，舉凡細菌、病毒，抑或塵螨等過敏原。抗原就是這些入侵者表面的蛋白質，然而抗體的「手」不大，沒辦法摸清楚抗原的全貌，僅能透過辨識抗原的特定位置抓住敵人，這個特定區域就稱為抗原決定位 (epitope)。抗原與抗體間的專一性作用並非透過共價鍵結合，而是透過抗體的「手」與抗原決定位之間胺基酸分子的特性與蛋白質立體構型，產生氫鍵、離子鍵、凡得瓦力或疏水作用等結合（圖 4），這種結合是屬於可逆性的，而且會受到溫度與 pH 值等因素影響，結合的緊密程度也就是抗原抗體間的親和性。

當抗體抓住抗原，除了阻擋有害外來物和身體公司其他員工接觸，許多抗原抗體互相結合形成的巨大免疫複合物，也可以讓抗原變得極為笨重，難以在體內四處遊走。此外，抗體還能在抗原身上添加調味料（補體），使抗原變得更加美味，讓巡邏怪獸聞香而來，一口吃掉這些意圖邪惡的入侵者（圖 5）。

然而，身體公司規模極大，跨部門合作複雜，每個不同的蛋白質都肩負著維護公司正常營運的重要任務。因此當有些員工出現了問題，就會導致公司營運出狀況。譬如原本僅會辨識外來物的抗體，開始不分敵我，互相串連結合，對其他同事發動攻擊，就會造成所謂的自體免疫疾病。若公司出現冗員又無法適度裁員，導致冗員工不斷累積，最後就會造成公司負擔而影響正常營運，阿茲海默症就是因蛋白質在腦部異常堆積所致。

此外，當公司管理規範制訂失當，無法培育特定的蛋白質員工，或是員工表現未能達到公司要求，也會影響公司營運。身體公司的管理規範就是所謂的遺傳物 DNA，無論是源自於管理規範制定失當，或因分層管理傳達過程出錯，都可能造成營運危機，引發遺傳性疾病。血友病就是因無法產生凝血蛋白質，以致身體很容易因受傷而血流不止，動輒面臨死亡威脅，最有名的例子就是英國維多利亞女王與其後代，因近親通婚導致血友病在貴族之間流傳，甚至使歐洲許多王室貴族出現斷後危機！