由結構來看，即使核酸酵素擁有聚合及剪接功能，卻不具有反應性較高的基團。這樣的弱點正好可以由輔酶補足，輔酶的功能是在催化過程中提供一個空間，做為基團轉移的暫時儲存區，或提供強而有力的反應基團，以增強酵素的催化能力。輔酶如果要扮演好這一個輔助的角色，勢必要跟酵素有所接觸，像是 NAD＋、FAD 及 CoA 上的核苷酸，應該就是與核酸酵素連接的結構。這些輔酶藉由核苷酸的腺嘌呤與核酸酵素上的尿嘧啶，以氫鍵做鹼基配對，才能使酵素功能更趨於盡善盡美。
其次，在早期的生命環境裡，藉由適當能量的供給，得以快速演化出新奇的分子。以 ATP 來說，除了攜帶的鹼基及核醣磷酸結構都是 RNA 的單位分子外，它之所以能成為能量攜帶者，主要是因為它的三磷酸鹽的部分含有 4 個負電的氧原子，會產生較大的靜電排斥效應，使得兩個磷酸酐鍵成為高能的鍵結。一旦水解，彼此間的斥力便會隨著負電荷的遠離而減小，如同一個隨時可以引爆的壓力鍋，可以釋放較大的能量。
另外，ATP 水解後的產物會因為離子化的作用，而比原來的反應物更穩定，也會有更好的水合作用。而且產物有較多的未定域電子，因此共振穩定能比較大。在這 3 個結構基礎上，根據計算的結果，一個 ATP 分子水解，能使反應物與產物的平衡濃度增加 108 倍，釋放的能量比較多，反應也就越快發生，越容易達到平衡。因此，上述的輔酶系統及能量分子可以說是 RNA 的近親，以及 RNA 世界的參與者。在這些可供利用的能量分子中，獨缺 TTP 的存在，也無 dTTP 的參與，這似乎也說明了 RNA 比 DNA 更早出現在生命的舞台上。
如果以嘧啶和嘧啶配對，會因為兩者的體積太小和距離太遠，無法有效形成穩定的氫鍵。另一方面，如果以嘌呤和嘌呤配對，則會因為兩者的體積太大，空間上過於擁擠狹小，而完全沒有機會形成氫鍵。兩股間最完美的配對必須是腺嘌呤（A）與胸腺嘧啶（T）形成兩個氫鍵（通常以 A = T 表示），鳥糞嘌呤（G）與胞嘧啶（C）間形成 3 個氫鍵（C ≡ G）。也就是說，這個方式可以達到最適當的空間排列及最穩定的鍵結。
氫鍵、疏水性作用與鹼基堆疊的力量，是穩定 DNA 雙螺旋結構的主要因素。因此，DNA 以雙螺旋的形式，把 A、T、C、G 等 4 個鹼基埋在分子骨架內側，使它們受到外力破壞而引起突變的機率大為降低。即使如此，這種天然的保護裝置並非無懈可擊，因為 DNA 兩股的磷酸根帶有比較強的負電荷，容易使兩股間產生斥力，造成雙螺旋結構瓦解，使得 DNA 變性。
在細胞環境下，精胺酸、離胺酸等鹼性胺基酸構成的組蛋白，能中和 DNA 磷酸根的負電荷而緩和了這個不安定的因素。由於精胺酸與離胺酸的 pKa 值分別是 12 與 10，在 pH 約為 7 的生理條件下帶正電荷，使得組蛋白與 DNA 有更大的結合力，進而纏繞成染色體。
事實上，除了磷酸根存在的不安定因素外，DNA 鹼基常有不當修飾或缺損的情形發生。例如，腺嘌呤氧化脫胺成為次黃嘌呤、胞嘧啶氧化脫胺成為尿嘧啶、嘧啶間形成二聚體、嘌呤被甲基化等。這些異常的鹼基都會藉由細胞中具有專一性辨識損壞 DNA 的醣苷酶來移除，再進行後續的修補，否則就會產生不可預期的突變。
現今研究指出，以人為的方式讓尿嘧啶（U）無法被甲基化成為胸腺嘧啶（T），而使得Ｕ大量累積。這樣一來，當 DNA 複製時找不到可以和腺嘌呤（A）配對的Ｔ，而以Ｕ取代Ｔ。但是，這個 A：U 配對的雙螺旋 DNA 與組蛋白纏繞成的染色體，結構比較不穩定，容易斷裂。這個結果更說明了，以 RNA 形式來正確地貯存遺傳訊息的可能性相當低。
