1875年孔恩氏(Ferdinand J. Cohn, 1828–1898)在一份報告中提到,由人體淚腺的結石中可以分離出一種微生物,他把這種微生物命名為Streptothrix foersteri,意思是指「放線菌」,這是首次在文獻中提到放線菌。因為牠們在培養基上呈放射狀生長,並可產生與真菌一樣的菌絲體、無性孢子、孢子囊與孢囊孢子,所以稱為放射狀真菌,歸為真菌類。直到20世紀中葉,學者們進一步探討放線菌生理和細胞特性,才發現牠們不具核膜,是屬於原核生物。因此,在現今的分類系統上,放線菌歸屬於革蘭氏陽性細菌。