在當時,從未有一位女性能進入醫學院正式攻讀學位,布萊克威爾所遭遇的艱辛可想而知。1847 年夏季,她開始向許多醫學院送出入學申請書,卻被一一拒絕,包括費城、紐約的多所醫學院,還有著名的哈佛大學、耶魯大學、波登學院等。最後她終於被一所私立的日內瓦醫學院(Geneva Medical College)(這所學校位於紐約州,現已更名為霍拔特與威廉史密斯學院(Hobart and William Smith College))獲准入學,而在這之前,她總計被 16 所醫學院拒絕過。
布萊克威爾獲准入學日內瓦醫學院,也有一段傳奇且曲折的經過。當時的醫學院院長是查理.阿弗瑞.李博士(Dr. Charles Alfred Lee, 1801-1872),他其實並不想接受一位女性學生入學醫學院,但又不想得罪替布萊克威爾寫推薦信的赫赫有名的沃靈頓醫師,於是把這個燙手山芋轉給學生會來決定。他認為學生應該會反對學校招收女性學生,因此交由學生會來主持一項全校學生投票,決定是否接受布萊克威爾的入學。然而出人意表,學生竟然投票通過布萊克威爾的入學!
然而,並非整個社區都如此善待布萊克威爾。那些醫師夫人們不屑和她交談;當她穿過鎮上街道去上課時,鎮上的女士也都拉開裙襬轉過身子背對著她;一些人甚至雙眼直盯著她,彷彿看著一個怪胎或精神病人。一位負責註冊業務的占姆士.哈德黎教授(Professor James Hadley)曾答應替她寫一封推薦信,但是根本沒有寄出那封信。
當時《波士頓醫學與外科雜誌》(現已改名為《新英格蘭醫學雜誌》)上刊登了許多激辯女性是否合適從醫的文章,許多保守的醫學界人士仍然頑固地反對女醫師,而李院長也為文辯解他的立場。後來,當布萊克威爾的妹妹艾蜜莉向日內瓦醫學院申請入學時,便被拒絕了。她轉而申請俄亥俄州克里夫蘭市的的西儲醫學院(Western Reserve Medical College),最後在那兒獲得她的醫學士學位。